南通市第十六屆人民代表大會代表名額為565名，至十六屆人大四次會議時，實有代表559名。市第十六屆人大四次會議以來，海安代表團封春晴，如東代表團姜東、啟東代表團肖樹、崇川代表團馬揚飚、張禮伯，海門代表團郭曉敏等6名代表調離本行政區域；海安代表團顧保紅，如皋代表團李丹瑾、朱瑩瀅、吳剛、佘元原、陳威濤，如東代表團陳昌龍，啟東代表團尹建勇、彭曉紅、蔡忠，崇川代表團丁秉華、孫桂泉、嚴崇明、葛志華，通州代表團徐林鋒，海門代表團王國平、張洪暉、楊江華、施俊、徐加明等20名代表因工作需要辭去代表職務；海門代表團蔡衛東因個人原因辭去代表職務。根據《中華人民共和國全國人民代表大會和地方各級人民代表大會代表法》第四十九條的規定，以上27名市人大代表資格終止。至此，南通市第十六屆人民代表大會代表實有532名，暫缺33名。

根據《中華人民共和國全國人民代表大會和地方各級人民代表大會選舉法》有關規定，去年12月到今年1月，分別在海安市、如皋市、如東縣、啟東市、崇川區、通州區、海門區人大常委會會議上補選了26名代表，他們是：陳林、曹雁卉、王海慧、張笑春、陳潔、陳鵬軍、曹鋮、湯軍、葛峰、秦艷秋、奚榮華、管蘇青、樊毅杰、江建春、吳鴻、陸春霞、周偉文、趙宏貴、趙樹春、王少勇、王進、湯雄、沈旭東、周國強、倪春青、葛志娟。

南通市第十六屆人大常委會代表資格審查委員會于2025年1月10日舉行了會議，對調離、辭職和補選的代表資格進行了審查。經審查，代表資格審查委員會對調離、辭職的代表確認其代表資格終止，對補選的代表確認其代表資格有效。審查結果向市第十六屆人大常委會第二十四次會議進行了報告。

至此，南通市第十六屆人民代表大會代表為558名，暫缺7名。